Sérstakir faghópar voru settir á laggirnar til að aðstoða verkefnisstjórn 1. áfanga. Verkefni faghópanna var að fara yfir virkjunarkosti hver frá sínum sjónarhóli, meta kostina og gera tillögur til verkefnisstjórnar. Gert var ráð fyrir að í faghópunum sætu sérfræðingar á viðkomandi sviði og kallaði iðnaðarráðuneytið eftir tilnefningum frá fjölmörgum stofnunum, félugum og samtökum. Faghóparnir voru eftirtaldir.
Verkefni: Að meta áhrif einstakra virkjunarkosta á landslag, jarðmyndanir, gróður, dýralíf, einkum fuglalíf og hreindýr, og minjar.
Formaður: Þóra Ellen Þórhallsdóttir, prófessor í grasafræði.
Þátttaka: Leitað var eftir tilnefningum frá þessum aðilum: Náttúruvernd ríkisins, Náttúrufræðistofnun Íslands, Líffræðistofnun HÍ, Veiðimálastofnun, Náttúruverndarráði, Þjóðminjasafni, Arkitektafélagi Íslands, Landvernd, Náttúruverndarsamtökum Íslands, Sól í Hvalfirði og Umhverfissamtökum Íslands.
Fulltrúar í hópnum: Anna Guðrún Þórhallsdóttir, Eyþór Einarsson, Freysteinn Sigurðsson, Gísli Már Gíslason, Guðrún Jónsdóttir, Helgi Torfason, Hilmar Malmquist, Jóhanna B. Magnúsdóttir, Jón Baldur Sigurðsson, Ragnheiður Traustadóttir, Sigmundur Einarsson, Sigurður Már Einarsson og Trausti Baldursson.
Helgi Torfason settist í hópinn í stað Sigmundar Einarssonar en þeir voru báðir tilnefndir af Náttúrufræðistofnun. Ragnheiður Traustadóttir kom í stað Guðmundar Jónssonar sem áður hafði komið í stað Birnu Gunnarsdóttur sem upphaflega var tilnefnd af Þjóðminjasafninu.
Verkefni: Að meta áhrif einstakra virkjunarkosta á útivist sem tómstundagamni, landbúnað, landgræðslu og skógrækt, lax- og silungsveiðar og skotveiðar.
Formaður: Haukur Jóhannesson, jarðfræðingur, forseti Ferðafélags Íslands.
Þátttaka: Leitað var eftir tilnefningum frá Sambandi íslenskra sveitarfélaga, Bændasamtökum Íslands, útivistarsamtökum, Ferðafélagi Íslands, Útivist, Háskóla Íslands (landfræðiskor), Rannsóknarstofnun landbúnaðarins, Landgræðslu ríkisins, Skógrækt ríkisins, Veiðimálastofnun, Veiðistjóra, Náttúruvernd ríkisins og Ungmennafélagi Íslands.
Fulltrúar í hópnum: Anna Dóra Sæþórsdóttir, Áki Ármann Jónsson, Eiríkur Þormóðsson, Guðmundur Gunnarsson, Guðni Guðbergsson, Karl Ingólfsson, Kristín Svavarsdóttir, Ólafur Arnalds, Ólafur R. Dýrmundsson, Sigurður Aðalsteinsson, Stefán Benediktsson og Þór Þorfinnsson.
Verkefni: Að meta hvaða áhrif það hefur á aðra atvinnustarfsemi, þ.m.t. ferðamennsku, að nýta virkjunarkostina. Einnig að meta langtímaáhrif nýtingar orkulindinda á efnahag, atvinnulíf og byggðaþróun.
Formaður: Sigurður Guðmundsson, skipulagsfræðingur, Þjóðhagsstofnun.
Þátttaka: Leitað var eftir tilnefningum frá Byggðastofnun, Sambandi íslenskra sveitarfélaga, Skipulagsstofnun, Þjóðhagsstofnun, Fjárfestingarstofunni - orkusviði, Háskólanum á Akureyri, Ferðamálaráði, Samtökum ferðaþjónustunnar, Félagi leiðsögumanna, ASÍ, Samtökum iðnaðarins, VSÍ (nú Samtökum atvinnulífsins) og Verkfræðingafélagi Íslands.
Fulltrúar í hópnum: Birgir Jónsson, Garðar Ingvarsson, Grétar Þór Eyþórsson, Ingunn Helga Bjarnadóttir, Jóhannes Pálsson, Katrín Ólafsdóttir, Matthildur Kr. Elmarsdóttir, Málfríður Kristjánsdóttir, Ólafur Kjartansson, Óskar Maríusson, Rannveig Sigurðardóttir, Smári Geirsson og Þorleifur Þór Jónsson.
Verkefni: Að skilgreina þá kosti sem fyrir hendi kunna að vera til að nýta vatnsorku og jarðhita til raforkuvinnslu, meta afl, orkugetu og líklegan orkukostnað hvers þeirra og forgangsraða þeim eftir hagkvæmni. Hér var að mörgu leyti um að ræða framhald á vinnu vegna skýrslu iðnaðarráðuneytisins um innlendar orkulindir til raforkuvinnslu 1994. Þessi faghópur var leiðandi að því leyti að hann skilgreindi hugsanlega virkjunarkosti sem aðrir faghópar tóku síðan afstöðu til.
Formaður: Þorkell Helgason, stærðfræðingur, orkumálastjóri.
Þátttaka: Leitað var eftir tilnefningum frá þessum aðilum: Orkustofnun, Samorku (2 fulltrúar), Landsvirkjun og Samtökum sveitarfélaga (2 fulltrúar).
Fulltrúar í hópnum: Agnar Olsen, Alfreð Þorsteinsson, Franz Árnason, Haukur Tómasson, Júlíus Jónsson og Valgerður Hrólfsdóttir sem starfaði með hópnum þar til hún lést um mitt ár 2001.
